Минюст отмечает, что постановление ЕСПЧ с юридической точки зрения является вновь открывшимся обстоятельством, которое может повлечь отмену приговора и кассационного определения по уголовному делу и возобновление расследования. В то же время у сторон есть право обжаловать решение Страсбургского суда в течение трех месяцев. До истечения этого срока в силу оно не вступит. В ведомстве пока не решили, будут ли подавать жалобу в Большую палату суда.

В опубликованном 25 июля решении ЕСПЧ отмечается, что рассмотрение первого дела Ходорковского и Лебедева проходило с многочисленными нарушениями. В частности, нарушалось право подсудимых на конфиденциальные встречи с адвокатами. Кроме того, помещение обвиняемых в металлическую клетку в зале суда в Страсбурге сочли унижающим достоинство обращением. ЕСПЧ также решил, что российские суды дважды необоснованно продлевали Лебедеву срок содержания под стражей, нарушая тем самым его право на свободу и личную неприкосновенность.

В постановлении также отмечается, что российские власти нарушили право Ходорковского и Лебедева на уважение частной и семейной жизни, отправив их отбывать наказание в отдаленные колонии, где их не могут регулярно навещать родственники.

В то же время заявители не смогли убедить ЕСПЧ в ангажированности российских судов. В частности, говорится в решении, им не удалось доказать, что у рассматривавшей их дело судьи Ирины Колесниковой была какая-либо заинтересованность в исходе процесса. В связи с этим требования признать уголовное преследование Ходорковского и Лебедева политически мотивированным Страсбургский суд оставил без удовлетворения.

Ранее ЕСПЧ уже рассматривал одну жалобу Ходорковского и Лебедева на нарушения их прав в ходе рассмотрения российскими судами их первого уголовного дела. Решение по ней было вынесено в 2011 году. Тогда ЕСПЧ также нашел недостатки в работе судебной системы РФ, но не обнаружил в деле политической подоплеки.